В Детройт прибывает некий "Новенький" с кучей денег и городские банды решают его поприветствовать, предложив свои услуги. Например, панки "Горящие головы" врываются в здание местной телестудии во время прямого эфира, чтобы прорекламировать свой товар – наркотик "ньюк". Поскольку отморозки захватили заложников, в дело вмешивается лучший полицейский города – Робокоп.
Агенты ФБР Сага Андерсон и Алекс Кейси приезжают в городок Брайт Фоллс для расследования ритуального убийства, совершенного загадочным Культом Дерева. А в это время писатель Алан Уэйк пытается вырваться из Темной Обители, где находится уже 13 лет. Судьбы Алана и Саги переплетутся, ведь Уэйк вписал женщину в свое произведение и теперь она играет в этой истории важную роль.
Отряд Аварийно-Исследовательской Дивизии Hexacore, состоящий из Далилы Рейес, Ивана Радека и их командира Марка Фостера, отправляется в Неваду на секретный объект, известный как Зона 51. Добравшись до базы они обнаруживают лишь трупы, а вскоре команда разделяется и Далила остается одна против опасных врагов.
С момента событий первой части прошло двадцать лет, связь с Корнем разорвана, но угроза, пусть и отступила, окончательно не исчезла, из-за чего живется людям все еще непросто. Протагонист (или протагонистка) с подругой Кесс изучают окрестности и ищут Блок 13, в существование которого они сами не до конца верят. В какой-то момент на них нападают агрессивные твари – коряги, и кажется, что странникам пришел конец, но внезапно приходит спасение в лице парочки жителей искомого места, которые и провожают путников в Блок.
Доротея Линд хочет сбежать из культа "Источник Вечности", забрав с собой сына, Габриэля. Но попытавшись прервать какой-то страшный ритуал, она устраивает пожар, в огне которого мальчик исчезает вместе с Пророком культа. По официальной версии ребенок погиб с высокопоставленными членами секты, но Доротея отказывается в это верить и спустя месяц с помощью магии отправляется в потусторонний мир.
Механик Гордон Д. О'Брайен по заявке от телевещательной сети приезжает на неиспользуемую площадку закрытого телешоу My Friendly Neighborhood, чтобы отключить антенну – накануне она почему-то возобновила работу и перекрыла основную трансляцию. Но вскоре Гордон обнаруживает, что площадка не такая уж заброшенная, а ее обитатели не слишком-то и дружелюбны.
В маленьком городке Бетелвуд у Салли Кауфман пропала двоюродная сестра Эмили. Девочка хочет ее найти и повсюду развешивает объявления, но результата это не приносит, пока однажды из-за хулиганов Салли не сваливается с дороги в овраг вблизи фуникулера, соединяющего закрытую шахту и город. Незнакомец предлагает ей взять билет, чтобы зайти в кабину и поехать в Бетелвуд, но по прибытии девочка оказывается в каком-то странном безлюдном месте.
Недалекое будущее, секретный объект "Зона 14". Главный герой, Субъект 106, получает шанс сбежать и тут же решает им воспользоваться. Выбраться из заточения ему помогает некая Тактическая Группа 27, которая доставляет 106 на свою базу. По прибытии директор организации предлагает протагонисту присоединиться к их борьбе.
1916 год, Первая мировая война в самом разгаре. Военнослужащий французской армии Анри Клеман однажды нес на себе раненого товарища, но попал под обстрел и потерял сознание, а очнулся с амнезией на больничной койке в бункере. Теперь ему предстоит разобраться в происходящем, выяснить, куда все подевались, а главное – попытаться выжить и выбраться.
В 2013 году началась пандемия, вызванная мутировавшим грибом кордицепсом, а Джоэл Миллер потерял дочь. С тех пор прошло 20 лет, он стал контрабандистом и вместе с напарницей Тесс пытается выживать в этом изменившимся мире. Но однажды Джоэл соглашается сопровождать в лабораторию организации Цикады девочку Элли, от которой может зависеть судьба человечества.
