Отряд Аварийно-Исследовательской Дивизии Hexacore, состоящий из Далилы Рейес, Ивана Радека и их командира Марка Фостера, отправляется в Неваду на секретный объект, известный как Зона 51. Добравшись до базы они обнаруживают лишь трупы, а вскоре команда разделяется и Далила остается одна против опасных врагов.

С момента событий первой части прошло двадцать лет, связь с Корнем разорвана, но угроза, пусть и отступила, окончательно не исчезла, из-за чего живется людям все еще непросто. Протагонист (или протагонистка) с подругой Кесс изучают окрестности и ищут Блок 13, в существование которого они сами не до конца верят. В какой-то момент на них нападают агрессивные твари – коряги, и кажется, что странникам пришел конец, но внезапно приходит спасение в лице парочки жителей искомого места, которые и провожают путников в Блок.

Доротея Линд хочет сбежать из культа "Источник Вечности", забрав с собой сына, Габриэля. Но попытавшись прервать какой-то страшный ритуал, она устраивает пожар, в огне которого мальчик исчезает вместе с Пророком культа. По официальной версии ребенок погиб с высокопоставленными членами секты, но Доротея отказывается в это верить и спустя месяц с помощью магии отправляется в потусторонний мир.