Земля, 2059 год. Природные ресурсы на планете иссякли еще в 2030 году, но выход был найден – на Луне стали добывать изотоп Гелий-3, с помощью поставок которого удалось избежать энергетического кризиса на Земле. Однако, в 2054 году случился Блекаут и планета стала превращаться в пустыню. Спустя пять лет, группа энтузиастов организует экспедицию "Фортуна-1" и отправляет добровольца на Луну, с целью узнать причины случившегося и восстановить подачу энергии.

Джейкоба Хелтена вызывают в больницу, где сообщают, что его жена, Клэр, пропала. Внезапно появляется теща Джейкоба, рассказывает о том, что ее дочь похитила некая таинственная организация и предлагает отправится на поиски супруги. По пути к месту назначения вертолет терпит крушение, после чего Хелтен остается один на неизвестном ему острове.

Командор Джакс отправлялся на задание, но его глайдер был сбит и потерпел крушение. В группировке Альбов за провал операции казнят, и привести приговор в исполнение незамедлительно попытался родной брат Джакса, Каллакс. По случайности бывший командор остался в живых, но лишился особых способностей и был ограблен неизвестным. Для того, чтобы узнать, кто его подставил, новоиспеченному изгнаннику придется научиться выживать в неизвестном мире и познакомиться с его обитателями.

Маркус Холлоуэй, по прозвищу Ретр0, переезжает в Сан-Франциско, где объединяется с местной хакерской организацией DedSec. Вместе они начинают борьбу с коррумпированными чиновниками и корпорациями, следящими за людьми с помощью системы ctOS 2.0.