Немец Пауль фон Шмитт вернулся домой после Первой Мировой Войны, но все еще не может забыть пережитый ужас и страдает от кошмаров. В доме он обнаруживает некролог, из которого следует, что они вместе со старшим братом погибли на фронте. Неужели мужчина на самом деле мертв, а все творящееся вокруг – его персональный ад? Это и предстоит выяснить игроку, попутно ознакомившись с печальной историей семьи фон Шмитт.
Отряд Аварийно-Исследовательской Дивизии Hexacore, состоящий из Далилы Рейес, Ивана Радека и их командира Марка Фостера, отправляется в Неваду на секретный объект, известный как Зона 51. Добравшись до базы они обнаруживают лишь трупы, а вскоре команда разделяется и Далила остается одна против опасных врагов.
Разгар космической гонки между США и СССР. Миссия по изучению Луны провалилась, астронавтов затянуло в портал. В результате произошла "рассинхронизация времени", один из них исчез и теперь иногда передает сообщения по радиосвязи и периодически появляется на пару секунд словно видение. Его напарник продолжает путешествие в одиночестве и вскоре набредает на оказавшийся здесь каким-то невероятным образом "город", состоящий из нескольких зданий.
С момента событий первой части прошло двадцать лет, связь с Корнем разорвана, но угроза, пусть и отступила, окончательно не исчезла, из-за чего живется людям все еще непросто. Протагонист (или протагонистка) с подругой Кесс изучают окрестности и ищут Блок 13, в существование которого они сами не до конца верят. В какой-то момент на них нападают агрессивные твари – коряги, и кажется, что странникам пришел конец, но внезапно приходит спасение в лице парочки жителей искомого места, которые и провожают путников в Блок.
Доротея Линд хочет сбежать из культа "Источник Вечности", забрав с собой сына, Габриэля. Но попытавшись прервать какой-то страшный ритуал, она устраивает пожар, в огне которого мальчик исчезает вместе с Пророком культа. По официальной версии ребенок погиб с высокопоставленными членами секты, но Доротея отказывается в это верить и спустя месяц с помощью магии отправляется в потусторонний мир.
Джорджу Родсу позвонил некто, представившийся детективом Роем Миллиардом, и сообщил, что мужчина стал единственным наследником дома в деревне Сент-Родс. Звонивший просил приехать, чтобы подписать кое-какие документы, и Джордж согласился, поскольку хотел заодно осмотреть доставшееся ему от родителей имущество.
Механик Гордон Д. О'Брайен по заявке от телевещательной сети приезжает на неиспользуемую площадку закрытого телешоу My Friendly Neighborhood, чтобы отключить антенну – накануне она почему-то возобновила работу и перекрыла основную трансляцию. Но вскоре Гордон обнаруживает, что площадка не такая уж заброшенная, а ее обитатели не слишком-то и дружелюбны.
В маленьком городке Бетелвуд у Салли Кауфман пропала двоюродная сестра Эмили. Девочка хочет ее найти и повсюду развешивает объявления, но результата это не приносит, пока однажды из-за хулиганов Салли не сваливается с дороги в овраг вблизи фуникулера, соединяющего закрытую шахту и город. Незнакомец предлагает ей взять билет, чтобы зайти в кабину и поехать в Бетелвуд, но по прибытии девочка оказывается в каком-то странном безлюдном месте.
За совершенное преступление писателя Этьена Квиста лишают лицензии и приговаривают к тридцати годам "писательских наручников" – все это время он не сможет писать. Его это не устраивает, поэтому в обмен на взлом наручников Этьен соглашается вновь преступить закон. Но не все оказывается так просто, как вначале предполагал Квист.
Недалекое будущее, секретный объект "Зона 14". Главный герой, Субъект 106, получает шанс сбежать и тут же решает им воспользоваться. Выбраться из заточения ему помогает некая Тактическая Группа 27, которая доставляет 106 на свою базу. По прибытии директор организации предлагает протагонисту присоединиться к их борьбе.
