Майкл Тортон очнулся в неизвестном месте, в больничной одежде и без оружия. Из союзников у него только таинственная незнакомка, дающая советы по коммуникатору. Но не все так плохо. Выбраться из заточения – своего рода вступительный экзамен в засекреченную организацию Alpha Protocol. Сдав его, Тортон становится шпионом, которому сразу же поручают опасное задание.
Луис Лопез – телохранитель владельца ночных клубов Энтони Принса. Дела в клубах идут неважно, поэтому Лопезу приходится участвовать в многочисленных авантюрах своего шефа.
Тяжела жизнь байкера Джонни Клебица. Главаря его банды посадили, и теперь ему приходится исполнять его обязанности. А проблем у банды "The Lost" хватает с избытком.
Москва. Не многим после начала атомной войны посчастливилось укрыться в метрополитене. Прошло более 20 лет, люди привыкли жить под землей, и лишь самые смелые изредка и ненадолго выходят на поверхность. Но над человечеством вновь нависла угроза, и судьба его оказалась в руках одного человека.
После закрытия завода инженер Федор Удальцов переезжает из Воронежа в Москву. Устроившись работать грузчиком, он случайно раскрывает планы инопланетных захватчиков. Как истинный патриот, Федор решает спасти родную планету.
После удачного похода сталкера Стрелка к центру Зоны, правительство Украины решает провести операцию "Фарватер", целью которой является взятие ЧАЭС под контроль. Но все вертолеты военных уничтожаются и в Зону отправляют майора СБУ Александра Дегтярева.
Серб Нико Беллик приезжает к своему кузену Роману в Америку, где начинает тесно сотрудничать с главарями преступного мира Либерти-Сити, параллельно пытаясь найти и убить человека, сломавшего его жизнь.
Американский полицейский Таннер, работающий под прикрытием, пытается обезвредить банду автоугонщиков, работающую по всему миру. В ходе расследования ему предстоит побывать в Майами, Ницце и Стамбуле.
