В 2062 году Земля пережила глобальную экологическую катастрофу. В итоге на всей планете наблюдается нехватка воды, отсутствует централизованная система управления государством, да и самих государств больше не существует. Есть только кучки выживших людей, банды и новообразовавшееся Правительство Нового Порядка.
Майкл Тортон очнулся в неизвестном месте, в больничной одежде и без оружия. Из союзников у него только таинственная незнакомка, дающая советы по коммуникатору. Но не все так плохо. Выбраться из заточения – своего рода вступительный экзамен в засекреченную организацию Alpha Protocol. Сдав его, Тортон становится шпионом, которому сразу же поручают опасное задание.
Россия, недалекое будущие. Страна захвачена войсками НАТО, которые зачищают территорию от нежелательных элементов. Бывший работяга, а ныне мародер, Ахмет Ахметзянов пытается выжить в сложившихся условиях.
Тяжела и неказиста жизнь простых антифашистов. Двое торговцев картошкой оказываются на льдине в одном нижнем белье. Что им остается делать? Только прикинуться секретными агентами и уплыть на немецкой подлодке.
Бывший капитан, а ныне – рядовой штрафбата, остается в живых после нападения немцев на штаб 32-й дивизии. Очнувшись, он узнает, что всех выживших нацисты забрали в плен. Не раздумывая, экс-капитан бросается спасать сослуживцев.
Вторая Мировая война. Главный герой игры приезжает в небольшой французский городок к своему старому другу. Друг успевает только намекнуть о таинственном открытии, как его тут же забирает Гестапо. Герой решает спасти своего друга и отправляет в долгое и непредсказуемое путешествие.
После Ядерной войны прошло 200 лет. Столица бывших Соединенных Штатов Америки покоится в руинах. Оставшиеся в живых люди (и не совсем люди) живут либо на руинах, либо на задворках некогда огромного мегаполиса. Повсюду бродят мутировавшие животные, одичавшие мертвяки и банды супермутантов. Казалось бы человечество обречено, но у него есть надежда. И эта надежда – выходец из Убежища 101. Или не он...
Планета-тюрьма "Матросская Тишина". Прошло 2 месяца с момента событий первой части игры. Основная диверсионная группа уже улетела, осталось выбраться потерявшемуся сержанту Хартману.
Неизвестная инопланетная раса обрушила на Землю всю мощь своих технологий. Чтобы спастись, пять огромных колониальных кораблей покинули планету, но лишь одному из них – "Армстронгу" – удалось вырваться в открытый космос. Бортинженеру Сету Уокеру предстоит разобраться в мотивах инопланетян и вступить с ними в неравный бой.
Главный герой – Волк – бывший офицер, высланный с Земли за неподчинение приказу. На звездолет, в котором он летел к месту отбывания наказания, напали инопланетные монстры. Задача Волка – пробраться к Материнскому модулю и спасти людей на корабле.
