Профессор физики Франклин Фарго тяжело переживает гибель возлюбленной. Несколько лет он не занимался исследованиями, а потом решил покончить жизнь самоубийством. Но внезапно он очнулся в капсуле, а неизвестный голос стал называть его "Объект 13", отдавать приказы и говорить про какую-то миссию.
1989 год. Пытаясь сбежать от проблем, Генри устраивается работать наблюдателем в лес Шошони штата Вайоминг. В его распоряжении наблюдательная вышка и уединение, которое прерывают только приказы начальницы Делайлы по рации. Казалось бы, идеальные условия для размышлений о жизни, но внезапно размеренная служба заканчивается.
23 июня 1998 года группа "Браво" специального отряда "S.T.A.R.S." направлялась для расследования серии жестоких убийств в Арклейских горах, но их вертолет потерпел крушение и дальше пришлось идти пешком. Передвигаясь по лесу, члены команды наткнулись на перевернутый фургон, перевозивший особо опасного преступника. Посовещавшись, отряд решил рассредоточиться и отправиться на поиски приговоренного к смертной казни убийцы.
Трое людей оказались в одном и том же месте в один и тот же день. Они незнакомы друг с другом, преследуют разные цели, но каждому из них предстоит раскрыть тайны провинциального города и определить судьбу этого странного места и его обитателей.
Бизнесмен приезжает в город и решает пожить на широкую ногу, снимая VIP-номер на 100-м этаже отеля Skyhill. Неожиданно по городу наносится удар биологическим оружием и большинство людей превращаются в мутантов. Мужчине ничего не остается делать, как с боем прорываться вниз, к спасительному выходу.
Владелец книжного магазина Саймон Джаррет приходит в себя и понимает, что оказался в каком-то полуразрушенном исследовательском центре. Последнее, что помнит Саймон – он был в клинике, где проходил диагностику мозга. Людей поблизости нет, спросить где он и как здесь оказался не у кого, так что приходится изучать обстановку самостоятельно.
В 1959 году, на Северном Урале, на перевале, впоследствии названном именем руководителя группы Дятлова, произошла трагедия, в результате которой все участники экспедиции погибли при невыясненных обстоятельствах. Главный герой игры – один из членов следственной группы, расследующей причины гибели туристов.
1998 год. В окрестностях города Раккун-Сити происходят чудовищные убийства. Для расследования обстоятельств дела, на место преступления отправляется специальный отряд "S.T.A.R.S.". Но часть отряда пропала, а оставшимся пришлось укрыться в особняке, спасаясь от стаи собак. Оказавшись во временном убежище, они решают его исследовать.
Город Салем, штат Массачусетс. Детектива Ронана О’Коннора убивает маньяк Звонарь, которого полицейский пытался задержать. Но душа Ронана не может найти покоя, пока не расследует свое последнее дело.
Очнувшись на берегу, мужчина понимает, что ничего о себе не помнит, ни имени, ни того, откуда он и чем занимался. Кое-как поднявшись, он решает обследовать местность, в поисках хоть какой-нибудь информации.
